Projektové řešení HÚ se opírá o koncept úložiště v krystalinických horninách,
který je inspirován švédským modelem KBS-3
Model KBS-3 vychází z uložení vyhořelého jaderného paliva do kovových, hermeticky uzavřených obalových souborů ve vrtech v hornině utěsněných bentonitovou tlumicí bariérou.
Tento koncept byl v ČR zpracován už v roce 1999 jako „Referenční projekt hlubinného úložiště RAO“ a zahrnoval v sobě požadavky české legislativy (jaderné, báňské, stavební a environmentální). Byl zpracován jako modelové řešení v hypotetické lokalitě, jeho podzemní část byla zpracována pro vertikální ukládání ukládacích obalových souborů. Zároveň stanovil základní požadavky na objektovou skladbu a logistické vazby v povrchovém areálu.
V roce 2011 byla zpracována Aktualizace referenčního projektu, ve které byl rozpracován horizontální způsob ukládání ukládacích obalových souborů do dlouhých vrtů.
V souvislosti s hodnocením lokalit a zúžením jejich počtu pro pokračování především průzkumných prací ve vytipovaných lokalitách v letech 2017–2018 bylo technické řešení obou referenčních projektů využito ve Studiích umístitelnosti a Předběžných studiích proveditelnosti v lokalitách Březový potok, Čertovka, Čihadlo, Hrádek, Horka, Janoch, Kraví hora, Magdaléna a Na Skalním. Úložný horizont pro každou z posuzovaných lokalit byl zpracován ve čtyřech variantách, které jsou kombinací vertikálního a horizontálního ukládání ukládacích obalových souborů s plně mechanizovanou a konvenční ražbou podzemní části hlubinného úložiště.
Tyto studie rovněž zohlednily požadavky aktuálně platné legislativy, Aktualizace koncepce nakládání s radioaktivním odpadem, především s ohledem na prodloužení doby skladování vyhořelého jaderného paliva, předpokladem výstavby nových bloků jaderných elektráren, a dostupné výsledky výzkumu a vývoje, především v oblasti inženýrských bariér.